1766. január 6-án született jómódú debreceni kézműves polgárcsaládban. Apja állatorvos és gyógykovács volt. Iskoláit szülővárosában kezdte; 1779-ben befejezte a gimnázium 6. osztályát. 1781. április 20-án a Debreceni Református Kollégium hallgatói közé lépett; tanára volt P. Szathmáry István, Hatvani István, Varjas János és Sinai Miklós. Azonban valami mellőztetés miatt összezördült tanáraival, és 1782. április 16-án beállt az I. úgynevezett Császárhuszár-ezredbe önkéntes közhuszárnak és Galíciában szolgált.

1788-tól II. József császár seregében a török elleni háborúban harcolt. 1789-ben előléptették tisztnek és hadnagyként folytatta a háborút. 1790-ben ezrede kisegítő erőként volt jelen Moldvában az osztrák−török−orosz háborúban. 1793−96-ban részt vett a francia háborúban, s a napóleoni hadjáratok során eljutott Franciaországba, Dél-Németalföldre, Hollandiába, Németországba. 1796-ban ismét előléptették, ezúttal főhadnaggyá, de erről a tisztségről nem sokkal később lemondott.

Ugyanebben az évben visszatért szülővárosába, Debrecenbe. Visszavonultan élt, kertészkedett, gazdálkodott, emellett verseket írt, és mint városi és kollégiumi pénztárnok hivatalnokoskodott. Megírta a Lúdas Matyi első változatát, majd később átdolgozta és kiadta Bécsben. Különösen szerette a botanikát. A füvészetre Földi János és sógora Diószegi Sámuel buzdították. 1807-ben jelent meg a sógorával, Diószegi Sámuellel együtt írt Magyar Füvészkönyv, az első magyar nyelvű tudományos botanikai rendszerezés és növény-meghatározó könyv.

1806-tól a városi közélet aktív tagja, a kollégium s a város pénztárosa, esküdt, majd a polgárság kapitányává választják. 1808-tól a debreceni református egyház megbízásából intézi az 1802-ben leégett gótikus templom helyén épülő Nagytemplom építkezési munkálatait, amelynek egyik irányítójává, gondnokává is megválasztották. A debreceni körnek is tagja volt; Csokonai Vitéz Mihály csaknem mindennapos volt Fazekas házánál, és Kazinczy Ferenccel is jó barátságban volt, leveleztek is. Kazinczy, Csokonai munkáinak kiadásánál Fazekast választotta maga mellé szerkesztőtársnak; az ebből keletkezett Árkádia-perben, amely a Hazai és Külföldi Tudósításokban évekig tartott, a debreceni közvéleményt Fazekas képviselte, s ő harcolt a lapban Kazinczy ellen, habár névtelenül. Fábián Gábor szerint a Mondolat megírásában is volt része. 1819-ben indította és haláláig szerkesztette a Debreceni Magyar Kalendáriumot. Prózafordításokat, tudománynépszerűsítő cikkeket közölt, és verseket is írt a Kalendárium számára. Utolsó éveiben sokat betegeskedett, a katonaság okozta csúzos bántalmakhoz még makacs gyomorbaj is járult. Végül 1828-ban súlyos tüdőbajban hunyt el Debrecenben.