A Pázmány Péter Katolikus Egyetem államilag elismert egyházi egyetem. Jog- és Államtudományi, Információs Technológiai valamint Hittudományi Kara Budapesten található. Bölcsészet- és Társadalomtudományi Kara Makovecz Imre és társai által tervezett épületekben, Budapesttől 30 km-re Piliscsabán található; külön autóbusz- és vasúti megállója van (amelyek neve Pázmáneum, mint a bécsi intézeté). A Vitéz János Kar Esztergomban található.

A Pázmány Péter Katolikus Egyetem Hittudományi Kara a Pázmány Péter bíboros által 1635-ben Nagyszombatban alapított egyetem (ma Eötvös Loránd Tudományegyetem) Hittudományi Karának, majd 1950-től a Római Katolikus Hittudományi Akadémiának jogutódja. Az 1992-ben alapított Bölcsészettudományi Karát a magyar állam 1993-ban ismerte el, ezzel jogilag lehetővé téve egy egyetem létrejöttét, a Hittudományi Kar által hagyományosan megőrzött fokozatszerzési joggal. Az egyetem 1999-ben szentszéki alapításúvá vált (vö. Ex corde Ecclesiae).

A Pázmány Péter Katolikus Egyetem elnevezést az Országgyűlés 2/1993 számú (II. 4.) Országgyűlési határozatával elismerte.

A Hittudományi Kar (HTK) a Pázmány Péter bíboros, esztergomi érsek által 1635-ben alapított intézmény (a mai ELTE) Hittudományi Karának jogutódja. Egyházi fakultás.

A Bölcsészet- és Társadalomtudományi Kart (BTK) a Magyar Katolikus Püspöki Konferencia 1992. január 30-án kelt 46/1992 számú határozatával alapította, az Apostoli Szentszék Katolikus Nevelési Kongregációjának 1992. január 24-én kelt Prot. N.223/91/9 számú hozzájárulása birtokában. A Magyar Köztársaság Kormánya 1993. május 25-én kelt (V.6.) Kormányhatározatával elismerte. Elnevezése 2012. február 1-től Bölcsészet- és Társadalomtudományi Kar.

A Jog- és Államtudományi Kart (JÁK) a Magyar Katolikus Püspöki Konferencia alapította 1995. április 3-án, 503/1995 számú határozatával. A Kánonjogi Posztgraduális Intézet (KJPI) önállóan működő egyházi fakultás. Az Apostoli Szentszék alapította 1996. november 30-án kelt N.975/96 számú határozatával. Az Intézet keretében 2013-tól önálló szervezeti egységként megalapított Nemzetközi Kánonjogtörténeti Kutatóközpont működik, a világ legnívósabb szakember-gárdájából összeállított törzstagokkal.

Az Információs Technológiai Kart (ITK) a Magyar Katolikus Püspöki Konferencia alapította 1998. június 24-én kelt 1246/1998 számú határozatával. A Magyar Köztársaság Kormánya 2001. július 20-án kelt 136/2001. számú Kormányrendeletével akkreditálta. Elnevezése 2013. január 1-vel Információs Technológiai és Bionikai Karra változott.

Az Egyetemhez 2008. szeptember 1-vel önálló karként csatlakozott a Vitéz János Tanítóképző Főiskola (Esztergom), Vitéz János Kar megnevezéssel, amely 2013. július 1-vel beolvadt a Bölcsészet- és Társadalomtudományi Karba, mint annak Vitéz János Tanárképző Központja..

2008 januárjában Esztergom városa az egyetemnek adta a Szent István tér egyik 7500 négyzetméteres kanonoki épületsorát, ahol műszaki, informatikai és informatikatanári képzést tervez folytatni az egyetem.^[4] A megállapodást 2009. január 6-án írták alá, a képzés 2009 szeptemberében indult meg,^[5] BSc mérnök-informatikus szakon.^[6] A képzés végül megszűnt 2011 júniusában, a hallgatók Budapesten folytathatták tovább tanulmányaikat.

2013. szeptember 3-tól folyamatosan alakulnak a Kar- és nemzetközi (Európa, USA, Közel-Kelet) egyetemközi Intézetek, amelyekből jelenleg 8 működik és végez aktív oktatói, kutatói és tudományszervező munkát.

2012-ben Dr. Roska Tamás akadémikus által vezetett tudományos csoport kidolgozza egy, a Semmelweis Egyetemmel közösen létrehozandó Bionikai Innovációs Központ tervét, amely kiemelt állami projektként 2014. március 18-án hivatalosan megkezdi kutatói és szervező tevékenységét. Az Európában is az éltechnológiának otthont adó központ alapkövét 2015. március 26-án helyezték le a VIII. Kerületben.