Hooker 1917. augusztus 22-én született Coahoma megyében, Clarksdale-től nem messze, William (1871-1923) Hooker földbérlő és baptista prédikátor és Minnie Ramsey Hooker (1875-?) tizenegyedik gyermekeként. John és testvérei otthon tanultak. Csak vallási zenéket hallgathattak. 1921-ben szülei elváltak, a következő évben anyja hozzáment William Moore-hoz, egy blues énekeshez, aki biztosította Johnnak az első gitár bemutatóját. Egy évvel később (1923-ban), mikor John édesapja meghalt, John elszökött otthonról. Soha többet nem találkozott anyjával és mostohaapjával.

Az 1930-as években Memphisben élt és dolgozott a Beale Streeten, ahol alkalmi fellépései voltak házibulikon. Különféle gyárakban dolgozott a második világháború alatt, később a Ford Motor Company-nál Detroitban is. Detroit északi részén a Hastings Streeten (a feketék mulatozóhelyének központja) töltötte idejét blues bárokban, találkozóhelyeken. Detroiti klubokban lépett fel, népszerűsége gyorsan nőtt. Új, "hangosabb" hangszerre volt szüksége, ezért megvette első elektromos gitárját.

Hooker karrierje 1948-ban kezdődött el, mikor az ügynöke készíttetett egy demo lemezt Hookerrel és a Bihari brothers-szel (a Modern Records tulajdonosaival).

Dadogott, a dalait félig beszélve adta elő, ami jellegzetességévé vált. Zenéjének ritmusa kötetlen volt, hasonlított a Delta blues előadóira. Éneke is inkább a beszédhez állt közelebb, semmint dallamok kiénekléséhez. Ez a laza, kötetlen stílus a Chicagóból érkező elektromos blues zenekarok megjelenésével vesztett népszerűségéből, bár amikor nem szólóban játszott, Hooker megpróbálta a kettőt ötvözni.

Hooker Memphisben (Tennessee állam) kezdett zenélni, majd 1943-ban Detroitba költözött, ahol gyári munkás volt. Itt élt 1969-ig, a város keleti részén, a feketék szórakozóhelyei közelében. Első lemezfelvételeit 1948-ban készítette, ezek közül a "Boogie Chillen" sláger lett. Több mint egymillió darabot adtak el belőle. Ez megteremtette számára a lehetőséget, hogy olyan, ma már klasszikus dalokat vegyen fel, mint a "Crawling King Snake", az "In the Mood", a "Rock House Boogie" és a "Shake Holler Run".

Szólókarriert kezdett, az 1960-as évek elején a blues és a folk rajongói között is népszerűvé vált, így ő mutathatta be a közönségnek a fiatal Bob Dylant.

1980-ban előadta nagy sikerű dalát, a "Boom Boom"-t a Blues Brothers című filmben.

1989-ben vendégmuzsikusok – Keith Richards, Carlos Santana – társaságában felvette The Healer című, Grammy-díjnyertes albumát.

2001-ben, röviddel európai turnéja előtt betegedett meg, és nem sokkal utána elhunyt.

Hooker több, mint 100 albumot vett fel, utolsó éveiben San Franciscó-ban élt.

Jellegzetes, mély tónusú énekhangja mellett gitárkísérete iskolát teremtett. Gitárstílusa egyszerűnek tűnik, ám lüktető basszusmeneten alapuló, egyetlen gitáron játszott kétszólamú kísérete technikai bravúr. Még az 1990-es évek elején is készített felvételeket, így duettet énekelt Van Morrison Gloria című dalában, illetve Bonnie Raitt-tal.