Az osztrák elnyomás lerázását célzó harc az osztrákok és törökök közt zajló és a királyi Magyarországot, majd Erdélyt is szervesen érintő 15 éves háborúból vezetett szabadságharchoz. 1591-ben ugyanis az Oszmán Birodalom a drinápolyi békét felrúgva megtámadta a Magyar Királyságot, majd sikeresen vette fel a harcot az ellene szerveződő osztrák – magyar – erdélyi - havasalföldi szövetséggel (Szent Liga). A harcok váltakozó sikerrel folytak, ám Erdély 1596-ban a Mezőkeresztesi csata kudarcát követően (Báthory Zsigmond döntése nyomán) kilépett a török-ellenes összefogásból. Ezen a ponton következett be fordulat az eseményekben, ugyanis Ausztria nem akarva megengedni Erdély elpártolását, katonailag megszállta a fejedelemséget. Giorgio Basta császári generális vezetésével Erdélybe császári csapatok vonultak s 1600. nyarán átvették a hatalmat.

Basta generális a megszállást követően vasvesszővel kormányozta az erdélyieket. A protestánsokat üldözte, a népre pedig megfizethetetlen hadisarcot vetett ki. "Erdély népe olyan szegénységre jutott, hogy kapával törte fel a földet a gabona magvak számára. Ezt innét Basta ekéjének mondották" - írta egy szemtanú. Hamarosan a királyi Magyarország nemességének is elege lett a Habsburgok uralmából.

A háborúban kiürült királyi kincstárat Rudolf a magyar uraktól elvett birtokok bevételeiből akarta feltölteni. A kiszemelt főurakat hűtlenséggel vádolta és elkobozta birtokaikat (különösen nagy felháborodást keltett az 1603-as, Illésházy István ellen indított per). Csak olaj volt a tűzre, hogy Rudolf katonái erőszakkal elvették a protestánsok templomait és átadták azokat a katolikusoknak. Kassán Belgiojoso gróf kassai főkapitány ágyúkat hozatott a főtérre, s így kényszerítette a városi tanácsot, hogy a lutheránusok kezén lévő Szent Erzsébet székesegyházat adják át a katolikusoknak. De Rudolfnak ez sem volt elég. 1604. tavaszán a pozsonyi országgyűlés végzéseihez utólagosan egy 22. pontot (hamis artikulus) is hozzáíratott, amely megerősítette a korábbi protestánsellenes törvényeket és megtiltotta, hogy az országgyűléseken ezentúl vallási kérdéseket tárgyaljanak. Mivel a király csak a magyar rendekkel közösen hozhatott törvényt, a 22. törvénycikk hamisításnak számított. A pohár betelt.

Az elégedetlenek élére Bocskai István állt. Bocskai néhány évvel korábban még a Habsburgokhoz hű főúrnak számított, de a császári politika tehetetlenségét látva a törököknél kezdett tapogatózni, mire a Habsburgok fiskális pert indítottak ellene (melyre az szolgált ürügyül, hogy szeptember 19-én Belgiojoso kezére jutott Bocskai levelezése az erdélyi emigránsokkal). Giacomo Barbiano Belgiojoso kassai főkapitány és Cyprian Conti váradi alparancsnok vezetésével támadást indított Bocskai ellen. 1604. október 15-én Bocskai a császári seregből átállt - Lippay Balázs, Németi Balázs és Szilassy János kapitányok által vezetett - hajdúkkal Álmosd és Diószeg határánál legyőzte Belgiojoso csapatait. Belgiojoso Kassa felé vonult vissza, de a város egyszerűen bezárta előtte kapuit. Néhány hét alatt Váradtól Kassáig Bocskai lett az úr. 1604. november 12-én Kassán részországgyűlést tartottak, melyen a rendek pénzt és katonát szavaztak meg a harcra.

Basta november 17-én Osgyán, november 28-án pedig Edelény mellett mért vereséget a hajdúkra, de a meginduló ellentámadás egészen Rimaszombatig jutott előre. A gyors sikerek láttán az erdélyiek 1605. február 21-én Marosszeredán fejedelmüknek ismerték el Bocskait. Később pedig április 20-án a szerencsi országgyűlésen a magyarországi rendek is fejedelmükké választották. Az év végén, 1605. december 12-én Bocskai 9254 hajdújának kollektív nemesi jogokat és adómentességet adott a fegyveres szolgálat fejében és Szabolcs vármegye déli részén (Kálló, Nánás, Dorog, Varjas, Hadháza, Vámospércs, Sima, Vid) telepítette le őket. A Dunántúlon a Némethy Gergely vezette hajdúk értek el sikereket (Sümeg, Körmend, Sziszek, Kőszeg, Veszprém, Palota, Tata). Némethy meghódolásra szólította fel Krajnát, Karintát és Stájerországot, amit azonban Bocskai helytelenített.

Később, 1605 novemberében Lalla Mehmed nagyvezír a szultán nevében díszes koronát küldött Bocskainak, ő azonban - bár a koronát nem küldte vissza - nem koronáztatta meg magát, mert nem akarta önmagát Európa előtt török hűbérrel legitimálni. Bocskai a török szövetséget csak kényszerűségből vállalta, mert belátta, hogy nem harcolhat egyszerre két császár ellen. A fejedelem azt is hamar felismerte, hogy győzelmeit a törökök kihasználják, ezért mielőbb igyekezett megegyezni Rudolf királlyal. Hónapokig tartó tárgyalások után,1606. június 23-án kötötték meg a bécsi békét. A béke rendezte a vallási sérelmeket, érvénytelenítette a 22. törvénycikket, s megengedte, hogy a főurak, a nemesek, a városok és a végváriak szabadon gyakorolják vallásukat (tkp. - a mezővárosi parasztság kivételével - vallásszabadságot adtak a protestánsoknak). A Habsburgok elismerték Erdély függetlenségét és számos területet - köztük Tokajt, Ung-, Szatmár-, és Bereg-megyét is - a Fejedelemséghez csatoltak. Előírták a törökkel kötendő békét. Bocskai közvetítésével a bécsi udvar és a porta 1606. november 11-én megkötötte a 15 éves háborút lezáró zsitvatoroki békét is. Ebben az egyezményben a fennálló helyzetet szentesítették.

A szabadságharc tehát magyar sikerrel zárult. Bocskai István azonban 1606. december 29-én meghalt. Végrendeletében megfogalmazta, hogy szükség van egy magyar fejedelmet Erdélyben fenntartani mindaddig, amíg a magyar korona idegen kézen van. Ha azonban újra magyar királyt választanak, akkor Erdélyt és a Királyi Magyarországot egyesíteni kell.