XI. Piusz pápa 1939. február 10-én halt meg. A rendíthetetlen hitű pápa egyszer Eugenio Pacelliről a következő megjegyzést tette: „Sokat dolgozik, jól dolgozik, gyorsan dolgozik”. Majd halkan, mintha önmagához beszélne, megjegyezte: „Milyen szép pápa lesz”. Ezt hallva a Bíborosi Kollégium dékánja, Granito di Belmonte bíboros, dohogva jegyezte meg: „Ez a pápa mindent maga akar csinálni. Legalább annyit engedjen, hogy az utódát mi válasszuk!” A megközelítőleg három hetes gyász után, 1939. március 2-án hatvanhárom bíboros vonult vissza a konklávéra. A bíborosokat ezúttal nem terhelte súlyos gond, mert mindenki az elhunyt pápa államtitkárát és jelöltjét, Eugenio Pacellit emlegette. Egyesek helytelennek tartották az elhunyt pápa közvetlen munkatársát ültetni Szent Péter trónjára, ugyanis ilyen utoljára 1073-ban fordult elő, amikor Hildebrand szerzetes VII. Gergely révén pápa lett. Egyébként sokan a következő ősi közmondást jegyezték meg Pacelliről: Nemo Pontifex in Curia, vagyis a Pápai Kúria emberei közül senki sem lesz Péter-utód. XVI. Gergely megválasztása óta (1831), ilyen eseményre nem került sor. XV. Benedek pápának is előbb el kellett látnia a Bologna érseki tisztét és csak utána lehetett pápa. Ezek a találgatások és indokok nem bizonyulhattak elég nyomósnak, hogy a bíborosok ne Eugenio Pacellire szavazzanak. Eugenio Pacelli érdemei és talentumai révén messze kimagaslott többi bíborostársa közül. Pacelli 1935 óta camerlengo volt, s mint ilyen, irányította az elhunyt pápa temetését és egybehívta, illetve megszervezte a konklávét. Már március 2-án, a délelőtti második szavazás során a volt államtitkár megkapta a szükséges többséget, de ő alázatosságból arra kérte a bíborosokat, hogy fontolják meg még egyszer, valóban őt tartják-e a legméltóbb Péter-utódnak.

A harmadik szavazás során a bíborosok továbbra is kitartottak elhatározásuk mellett, így Eugenio Pacelli lett az új pápa. Ekkor a Sixtus-kápolna kéményéből felszállt a fehér füst, ami az új pápa megválasztását jelezte. Ez volt a XX. század legrövidebb konklávéja. A Sixtus-kápolnában megkérdezték, hogy milyen nevet választ magának, ő egyértelműen azt felelte, hogy „Piusznak hívjatok”. Ezzel azt jelezte, hogy ő is folytatja elődje, XI. Piusz útját. Ezután a rangidős diakónus-bíboros a Szent Péter-bazilika erkélyén kijelentette: „Annuntio vobis gaudium magnum; Habemus papam: Eminentissimum ac Reverendissimum Dominum, Dominum Eugenium Sanctae Romanae Ecclesiae Cardinalem Pacelli, qui sibi nomen imposuit Pium (XII).” Nem sokkal később XII. Piusz már a pápai díszöltözékben jelent meg ugyancsak a Szent Péter-bazilika erkélyén és áldást osztott. Ezzel megkezdődött XII. Piusz pápasága.

Többen hallgatással vádolják Piuszt, és bűnként róják fel neki, hogy a háború csapásaira nem reagált kellőképpen. De hát mi mást tehetett volna, mikor egy XX. századi pápának már nincsen akkora világfordító hatalom a kezében, mint a középkori egyházfőknek? Erkölcsi hatalmával már nem tudta a pusztító háborút és annak pusztító eszméit megfékezni. XII. Piusz politikailag semleges maradt, békét akart. Nem állt senkinek sem az oldalára, mert – mint August Franzen német egyháztörténész fogalmaz – olyan lett volna, mintha „Belzebubot űzette volna ki az ördöggel.”^[8] Amerikai és brit diplomák kifejezetten kérték XII. Piuszt, hogy ne tiltakozzon nyilvánosan a magyar zsidók elhurcolása ellen. Mindazonáltal a pápa a magyar kormánynak küldött levelében megtette ezt. November 19-én a Vatikán csatlakozott azon semleges államokhoz, Spanyolországhoz, Portugáliához, Svájchoz és Svédországhoz, amelyek levélben tiltakoztak a magyar kormánynál a deportálások ellen. Sir Martin Gilbert brit zsidó történész, a holokauszt nemzetközileg elismert szakértője 2002-ben megjelent, The Righteous: The Unsung Heroes of the Holocaust című kötetében azt írta, hogy ekkoriban 25 ezer zsidót bújtattak a katolikus hívek és a katolikus intézmények Budapesten. Tehát a Vatikán olyan semleges állam volt, amely semlegességét ezrek megmentésére használta.

Negyvenegy enciklikája jelent meg és körülbelül ezerszer lépett fel nyilvánosan. Egyike volt a legtöbbet tanító pápáknak. Nagy gondja volt arra, hogy a világ eseményeiben mindig a keresztény elvek érvényesüljenek. Az 1956-os forradalmat ő intézte el, hogy ne torolják meg véresen. Három enciklikát adott ki a magyarok miatt és mellett, még a rádióban is felszólalt e nemzet sorsáért. Segítséget kért, vagy legalábbis a harcok és a vérontás végét, de szavai süket fülekre találtak.